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[学习讨论] 关于染色体可及性检测方法

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 楼主| 发表于 2024-1-5 01:50:41 手机版 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 LSPdaihao999 于 2024-1-8 00:13 编辑 $ N( I+ t# j5 D+ m" n- S" [7 E7 b(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
# d: e# _' S, m$ ~, \% d* z(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
Chromatin accessibility profiling methods# J) |( [, T" v! f- N* k5 w2 M* O* E(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    染色质可及性是指染色质的物理压实程度。染色质是由DNA和主要由组蛋白、转录因子(transcription factors,TFs)、染色质修饰酶和染色质重塑复合物组成的复合物。虽然真核生物的基因组通常被封装在核小体中,核小体由约147bp的DNA包裹在组蛋白的八聚体上,但核小体在基因组中的占据情况并不均匀,并且在不同的组织和细胞类型中存在差异。核小体通常在代表顺式调控元素(增强子和启动子)和其他与转录调节器(如TFs)相互作用的位置被耗尽,导致可接触的染色质。' a; }* S8 w! U' [2 ~0 y" [3 c# @(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    在全基因组范围内对染色质可及性进行分析,是从细胞类型或细胞状态中推断调控元素的一个很好的工具。2 a/ L1 L  a* o% G(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    染色质的翻译后化学修饰,包括DNA甲基化(在脊椎动物中)和组蛋白甲基化和乙酰化,是不同细胞状态之间的动态变化,类似于核小体定位。这些修饰改变了染色质的物理化学特性,这反过来又能影响转录凝集物( transcriptional condensates)的形成。此外,活性染色质重塑影响核小体占据;例如,SWI/SNF复合物利用ATP水解改变组蛋白DNA接触,从而重新定位或去除核小体。染色质可及性的最初变化是由TFs的结合引起的,TFs竞争组蛋白并招募辅助因子,包括ATP依赖的染色质重塑器,或者由TFs优先结合到它们在核糖体DNA中的识别序列上。这些被称为先锋因子( pioneer factors)的初始TFs的结合可以招募其他TFs共同结合并进一步稳定核糖体缺失区域,进一步促进对目标基因的基因表达的调节。4 N. q5 g0 a( K) |/ s8 @! l9 \" B; D) L(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    DNase I仍然是TF足迹(TF footprinting)测定的首选试剂,由于TF本身对位点的保护,它可以确定TF结合位点的位置。
2 Y) c' g5 j# x$ A 51d49cdc8ff897de4a7908804c6a6779.png
* y. W) k, }* g. C- F7 q图1:批量和单细胞水平的染色质可及性分析显示了假定的调控区域。
; S5 G- @9 C& i0 l$ P1 u    a | 染色质的图谱表示,其中转录因子(TF)结合的增强子和基因的启动子被核糖体耗尽,从而可被访问。TFs用彩色的圆圈表示,箭头表示增强子到目标基因启动子的3D环。b | 包含三种不同细胞群的异质样本的大量和单细胞染色质可及性图谱。在进行单细胞染色质可及性分析时,稀疏的单细胞数据被用来对细胞进行聚类,通常随后对每个聚类的读数进行汇总,从而重新构建每个聚类或细胞类型的假性大体概况。
* W  g  Y1 t) @& Z4 k
6 I& {3 p# ]3 n& u- c4 w表1 :三种最常用的染色质可及性分析方法的比较$ V5 C; y, {& c' H$ q(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
Screenshot_20240108_000246_cn.wiz.note_edit_1065676108470202.jpg Screenshot_20240108_000252_cn.wiz.note_edit_1065694336398845.jpg Screenshot_20240108_000257_cn.wiz.note_edit_1065711607992592.jpg

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参与人数 1软妹币 +255 收起 理由
navebayes + 255 cheese!!

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发表于 2024-1-8 00:18:04 | 显示全部楼层
基础50可读性50排版55内容75其他25总计255,希望下次可以看到更深刻和丰富的内容
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发表于 2024-1-5 09:45:31 手机版 | 显示全部楼层
是我的问题吗?怎么没看到图
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 楼主| 发表于 2024-1-5 11:55:11 手机版 | 显示全部楼层
7先生77 发表于 2024-1-5 09:45& R7 T( R) v2 s/ Y6 O) G# K2 D) M(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
是我的问题吗?怎么没看到图

7 t# {( S* F( U5 J, w确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧
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发表于 2024-1-5 15:23:59 手机版 | 显示全部楼层
LSPdaihao999 发表于 2024-1-5 11:558 R9 B: j0 ]1 N3 P) H6 Y(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧

! J* d8 S2 f3 |% P复制不带图片,要上传到附件然后添加进去
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发表于 2024-1-5 17:44:57 手机版 | 显示全部楼层
暂时不通过,请进行以下修改:
5 s& b2 T$ L- T  K补充缺失资料(图片等)
; S7 b9 X- N; _* z排版(太乱了)
5 X8 G: v) I9 U3 P- N$ w" m完成后预计奖励:260
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发表于 2024-1-17 08:01:32 | 显示全部楼层
啥意思 看懵逼了
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